L'administration coloniale britannique a acheté l'île à un commerçant arabe qui l'avait destinée à servir de centre de détention pour les esclaves récalcitrants, mais au moment où la construction a débuté, l'esclavage était aboli et les cellules ont été réaffectées à la quarantaine médicale. L'hôpital en corail, dont les corridors voûtés sont ouverts aux vents de l'océan Indien, a accueilli des milliers de personnes lors des épidémies de choléra et de peste qui ont frappé l'Afrique de l'Est dans les années 1920. Aujourd'hui, les salles sans toit et les lits en fer rouillé subsistent, monument squelettique d'une infrastructure de santé publique qui a depuis longtemps migré vers le continent.
La transformation de l'île a commencé en 1919, lorsque le gouverneur britannique a reçu quatre tortues géantes des Seychelles en cadeau de l'administration locale. Leurs descendants sont aujourd'hui plus de cent cinquante, beaucoup dépassant un siècle d'âge et deux cents kilogrammes. Les tortues se déplacent librement sur les douze hectares de l'île, se rassemblant à l'ombre des bosquets de filaos et le long des sentiers en corail qui entourent les ruines de la quarantaine. Leur longévité et l'isolement relatif de l'île ont fait de Changuu un sanctuaire de fait, bien qu'elle ne bénéficie d'aucune désignation officielle de conservation. Les visiteurs leur donnent des feuilles et photographient les anneaux concentriques profonds sur leurs carapaces, chaque crête marquant une année de croissance.
Les visites de Stone Town et de Prison Island partent généralement des ports de boutres au nord de Forodhani Gardens, des bateaux à moteur en fibre de verre remplaçant les navires à voile qui transportaient autrefois les patients en quarantaine. La traversée dure vingt minutes par mer calme, passant devant les remparts en calcaire du Vieux Fort et les quais de chargement du port de Malindi. L'arrivée se fait sur une jetée en béton sur la rive ouest de l'île, où la taxe de conservation est collectée et où commence un réseau de sentiers pavés de corail. Le complexe de quarantaine occupe le centre de l'île, ses murs percés de fenêtres à persiennes conçues pour maximiser la circulation de l'air à l'ère pré-antibiotique. Au-delà des ruines, des sites de plongée en apnée bordent les côtes nord et est, où le récif tombe brusquement et où la visibilité dépasse souvent quinze mètres. Certains forfaits de visite de Stone Town et Prison Island combinent la visite de l'île avec des arrêts dans des fermes d'épices ou des excursions sur le banc de sable de Nakupenda, prolongeant l'itinéraire sur une journée complète. Les voyageurs indépendants combinent souvent la traversée du matin avec un retour l'après-midi, ce qui permet d'explorer à la fois les enclos des tortues et le récif peu profond sans l'affluence qui culmine après midi.
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