Die britische Kolonialverwaltung kaufte die Insel von einem arabischen Händler, der sie als Haftanstalt für widerspenstige Sklaven vorgesehen hatte. Doch als der Bau begann, war die Sklaverei bereits verboten und die Zellen wurden für die medizinische Quarantäne umfunktioniert. Das Korallenstein-Krankenhaus, dessen gewölbte Korridore dem Wind des Indischen Ozeans ausgesetzt waren, fertigte während der Cholera- und Pestepidemien, die Ostafrika in den 1920er Jahren heimsuchten, Tausende von Ankömmlingen ab. Heute sind die dachlosen Stationen und rostigen Eisenbetten übrig geblieben, ein skelettartiges Denkmal für eine öffentliche Gesundheitsinfrastruktur, die längst auf das Festland abgewandert ist.
Die Umgestaltung der Insel begann 1919, als der britische Gouverneur vier Aldabra-Riesenschildkröten als Geschenk der Verwaltung der Seychellen erhielt. Ihre Nachkommen zählen heute über einhundertfünfzig Exemplare, von denen viele über ein Jahrhundert alt sind und mehr als zweihundert Kilogramm wiegen. Die Schildkröten bewegen sich frei auf den zwölf Hektar der Insel und versammeln sich im Schatten der Kasuarinenhaine sowie entlang der Korallensandwege, die die Quarantäneruinen umkreisen. Ihre Langlebigkeit und die relative Isolation der Insel haben Changuu zu einem faktischen Schutzgebiet gemacht, auch wenn es keinen offiziellen Naturschutzstatus besitzt. Besucher füttern sie mit Blättern und fotografieren die tiefen konzentrischen Ringe auf ihren Panzern, wobei jede Rille ein Wachstumsjahr markiert.
Touren zur Stone Town Prison Island starten in der Regel von den Dhau-Häfen nördlich der Forodhani Gardens, wobei motorisierte Glasfaserboote die segelbetriebenen Schiffe ersetzt haben, die einst Quarantänepatienten transportierten. Die Überfahrt bei ruhiger See dauert zwanzig Minuten und führt an den Kalksteinmauern des Old Fort und den Frachtkais des Hafens von Malindi vorbei. Die Ankunft erfolgt an einem Betonsteg am Westufer der Insel, wo die Naturschutzgebühr erhoben wird und ein Netz aus korallengepflasterten Wegen beginnt. Der Quarantänekomplex nimmt das Zentrum der Insel ein, dessen Wände von Lamellenfenstern durchbrochen sind, die den Luftstrom während der Ära vor der Entdeckung von Antibiotika maximieren sollten. Hinter den Ruinen säumen Schnorchelplätze die nördliche und östliche Küste, wo das Riff steil abfällt und die Sicht oft mehr als fünfzehn Meter beträgt. Einige Reisepakete für Stone Town und Prison Island kombinieren den Inselbesuch mit Stopps bei Gewürzfarmen oder Ausflügen zur Nakupenda-Sandbank, wodurch sich die Reiseroute auf einen ganzen Tag verlängert. Unabhängige Reisende kombinieren oft die morgendliche Überfahrt mit einer Rückkehr am Nachmittag, was Zeit lässt, sowohl die Schildkrötengehege als auch das flache Riff zu erkunden, ohne den Andrang, der nach dem Mittag seinen Höhepunkt erreicht.
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